Эта обитель была основана во второй половине 14 века, на той земле, где в 1347 году язычниками были казнены святые Виленские мученики Антоний, Иоанн и Евстафий.
Этот монастырь играл очень существенную роль в жизни Западной Православной Митрополии.
Архимандритами этой обители ещё до возведения в сан епископов были такие святые как:
Святитель Макарий Киевский.
Митрополит Киевский Иона Второй.
Митрополит Киевский Сильвестр Белкевич
В монастыре жил будущий Патриарх Святитель Тихон Московский.
В 1588 году монастырь посетил Константинопольский Патриарх Иеремия Второй. Именно он утвердил Патриаршество в Русской Православной Церкви.
В августе 1609 году монастырь перешёл к католикам и стал Греко-Католическим монастырём, православным его вернули только в 1845 году.
Первым настоятелем в 19 веке стал будущий архиепископ Тверской, Евсевий (Ильинский).
В монастыре хранилась чудотворная Виленская икона, Образ написан Святым евангелистом Лукой и долгое время икона находилась у Византийских императоров. Эту икону почитал Царь Иван грозный .
После взятия Вильно в 1655 году войсками Алексея Михайловича по его поручению виленский воевода Михаил Шаховской пытался найти икону, но она была вывезена в униатский монастырь в Крулевец (Кёнигсберг).
Во время Первой мировой войны многие святыни были эвакуированы из прифронтовой линии в том числе и Виленская икона. Её вместе с мощами Виленских мучеников в 1915 году привезли в Донской монастырь и после этого её дальнейшая судьба неизвестна.
